Kurzinformation

FoundationOne Liquid unterstützt behandelnde Ärzte dabei, bei Fehlen einer Gewebeprobe oder unzureichender Gewebequalität potentiell geeignete Therapieoptionen oder in Frage kommende klinische Studien für Patienten mit soliden Tumoren auszuwählen1.
FoundationOne Liquid – über 98% Sensitivität für Punktmutationen, Indels* und Genrearrangements bei einer Allelfrequenz von ≥ 0,5% in der analytischen Validierung1
Umfassendes Tumorprofiling aus Blut

FoundationOne Liquid analysiert präzise genetische Alterationen in 70 Genen1 sowie den MSI Status

FoundationOne Liquid unterstützt Behandler dabei, fundierte Therapieentscheidungen auf dem neuesten Stand der Medizin zu treffen. Aus der zirkulierenden Tumor-DNA (ctDNA)2,3 wird ein umfassendes Tumorprofil erstellt, bioinformatisch ausgewertet und von einem Expertengremium in einen übersichtlichen, umfassenden Ergebnisbericht übertragen - auch bei fehlender Gewebeverfügbarkeit oder unzureichender Gewebequalität4.

Bisherige Verfahren in der Liquid Biopsy erreichen analytische Sensitivitäten zwischen 0,67 und 0,7 im nicht kleinzelligen Lungenkarzinom (NSCLC)5,6,7

sowie 0,90 im metastasierten Kolorektalkarzinom (mKRK)7,8. Die analytischen Spezifitäten reichen von 0,69 bis 0,94 beim NSCLC5,6,7 und 0,93 beim mKRK7,8.

Für FoundationACT, der vorherigen Version des Tests, wurde eine umfassende Validierung an 2.666 Referenz-Alterationen vorgenommen1,4.  Dabei erreichte der Assay beispielsweise für Punktmutationen >99% Sensitivität bei Allelfrequenzen > 0,5% sowie >95% Sensitivität für Allelfrequenzen zwischen 0,25% und 0,5% und 70% Sensitivität für Allelfrequenzen zwischen 0,125% und 0,25%:

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Tabelle1: Leistungsmerkmale von FoundationOne Liquid (erhoben an der vorigen Version des Tests FoundationACT) und Ergebnisse der analytischen Validierung anhand von 2.666 Referenz-Alterationen1
Hohe Sensitivität, hohe positive Prädiktion und Konkordanz

Umfassende Validierung anhand von 2.666 Referenz-Alterationen1

FoundationOne Liquid erreicht neben hohen Sensitivitäten auch hohe Positive Prädiktive Werte (PPV, positive predictive value) bei der Detektion aller Arten von genetischen Alterationen (Tab.1)9.

In 115 klinischen cfDNA-Proben (cell free DNA), darunter 69 Brustkrebsfällen, 37 Fällen von Lungenkarzinom sowie 9 Fällen von anderen Tumortypen wurde die Konkordanz mit anderen für die Liquid Biopsy etablierten Methoden evaluiert hinsichtlich Basensubstitutionen, Insertionen und Deletionen (Indels), Rearrangements sowie Kopiezahlveränderungen. Abb. 1 stellt die Ergebnisse der Konkordanz-Analyse mit dem FoundationOne NGS Assay, Droplet Digital PCR (ddPCR) und BEAMing (Beads, Emulsion, Amplification, Magnetics) dar1

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Abb1: Validierung des Assays* an klinischen cfDNA Proben durch den Vergleich mit orthogonalen Methoden, die an denselben Patientenproben durchgeführt wurden. Die mit FoundationACT ermittelten Allelfrequenzen (MAFs) wurden mit den MAFs korreliert, die anhand der oben genannten Methoden bestimmt wurden. Der Vergleich mit dem FoundationOne NGS Assay ergab eine Pearson Korrelation von r = 0,98 (A), mit Droplet Digital PCR r = 0,99 (B) sowie r = 0,93 mit BEAMing (C).

*FoundationACT ist die der Validierung zugrunde liegende Methode. FoundationOne Liquid ist die daraus entwickelte Liquid Biopsy der zweiten Generation. Hier wurden in einem Prozess innerhalb eines CLIA-zertifizierten und CAP-akkreditierten Labors weitere Gene inkludiert und die Auswertealgorithmen verfeinert. 

Hohe Übereinstimmung zwischen Ergebnissen aus Analysen mit FoundationOne Liquid und FoundationOne1

FoundationOne Liquid zeigt eine hohe Übereinstimmung mit Ergebnissen des FoundationOne Gewebe-Profilings1 hinsichtlich der Allelfrequenzen von TP53, KRAS, PIK3CA, BRAF und EGFR10,11,12(Abb.2). Somit können Liquid Biopsy und Gewebetestung als einander ergänzende, komplementäre Verfahren angesehen werden.7,12

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Abb.2: Vergleich der Ergebnisse aus dem Tumorprofiling anhand einer Liquid Biopsy (FoundationACT) bzw. einer Analyse am Gewebe (FoundationOne). Die Allelfrequenzen genetischer Alterationen wurden mit FoundationACT an Patientenproben mit NSCLC, Brustkrebs, Kolorektalkarzinom sowie Prostatakarzinom bestimmt. Diese wurden mit den Werten verglichen, die über FoundationOne am Gewebe ermittelt und in die FoundationCORE Datenbank eingespeist wurden.1,13

*Indels = Insertionen und Deletionen
Verweise
  1. Clark TA, et al. J Mol Diagn. 2018 Sep;20(5):686-702.
  2. Alix-Panabières C, Schwarzenbach H, Pantel K. Annu Rev Med. 2012;63:199–215.
  3. Diaz L & Bardelli A. J ClinOncol 2014; 32 (6): 579–586.
  4. FoundationOne®Liquid Technisches Datenblatt 2018.
  5. Luo J et al. Sci Rep 2014; 4: 6269.
  6. Oxnard GR et al. J CLin Oncol 2016; 34: 3375-82.
  7. Jung A, Kirchner T Deutsches Ärzteblatt Jg. 115; Heft 10, 09.März 2018.
  8. Schmiegel W et al. Mol Oncol 2017; 11: 208-19.
  9. Frampton, G.M. et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031.
  10. Chung JH et al. Annals of Oncology 2017 28: 2866–2873.
  11. Thompson, J.C., et al. (2016) Clin Cancer Res. 22:5772-82.
  12. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2018; 24: 1881-90.
  13. Foundation Medicine Reports Preliminary 2017 Results. http://investors.foundationmedicine.com/releasedetail.cfm?ReleaseID=1053533.